De parochiekerk ligt direct in het centrum van Flaurling en is een classicistisch gebouw, dat een kapel uit de 14e eeuw vervangt. In 1508 werd het kerkje door pastoor Sigismund Ris vergroot. Verdere verbouwingen volgden in 1574 en in 1750. In het jaar 1836 werd de parochie- en decanaatskerk vergroot. Sindsdien is de hoofdingang niet meer aan de westzijde van de kerk, maar aan de oostzijde. In de jaren 1957/58 creëerde de Tiroolse kunstenaar Wolfram Köberl een imposante plafondschildering. In 2010 werd het interieur van de kerk fundamenteel gesaneerd en volgens liturgische uitgangspunten opnieuw vormgegeven. Een toren- en gevelrenovatie volgde in 2012.

De kerk is gewijd aan de heilige Margaretha, daarom vindt jaarlijks op 20 juli het feest van de naamdag plaats.